奶茶店检查因卫生被罚款，让员工支付剩余部分，在工资中扣除，合理合法吗？

不合理合法。单位不可随意罚款，罚款需基于劳动合同且扣除有限额《工资支付暂行规定》。若随意罚款，可能导致员工关系紧张，甚至引发劳动纠纷。
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不合法。应对方式如下：1.与老板沟通，说明法律规定，要求合理处理罚款；2.若沟通无果，向劳动行政部门举报单位违规行为；3.也可选择直接申请劳动仲裁，维护自身权益；4.对仲裁结果不满，可在规定时间内向法院提起诉讼。
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单位罚款常见处理方式为举报、仲裁、起诉。应先尝试与单位沟通，无果后到劳动行政部门举报；或直接申请仲裁；对仲裁不满可起诉至法院。